V září úl zavři – říkávali staří a měli na mysli klidné přezimování včelstev po jejich nakrmení cukrem. V současnosti to není možné. Jako každý živý tvor mohou i včely trpět různými chorobami. Řadu z nich včelař zvládne bez použití jakýchkoliv léčiv. Jsou však některá pro včely velmi nebezpečná onemocnění, při jejichž léčení se nevyhneme použití rázných veterinárních opatření.
V současné době je to tzv. varoaza včel – parazitální onemocnění způsobené roztočem Varroa destructor, který dospělé včele neublíží, ale ničí včelí plod. Proto se léčení provádí v podzimním a zimním období, kdy ve včelstvech plod není. Výzkumný ústav včelařský vyvinul léčiva a metodiky jejich použití tak, aby byly bezpečné jak pro včely, tak i pro člověka. V léčení této nemoci jsme na výborné úrovni, na rozdíl od jiných států.
Zvlášť nebezpečnou chorobou je mor včelího plodu. Je to bakteriální onemocnění, které u nás nesmí být léčeno antibiotiky a napadená včelstva musí být utracena a veškerý materiál spálen. Je to radikální, ale velmi účinné řešení. Zárodky této nemoci dokáží přežít v dobrých podmínkách celá desetiletí.
Zde je třeba poznamenat, že v našich medech se nevyskytují rezidua antibiotik (pro člověka velmi nezdravá až nebezpečná) a to zejména díky těmto radikálním opatřením. Spotřebitelé by si toto měli uvědomit a dávat si pozor při nákupu medů z dovozu ze zemí, kde se antibiotika běžně používají.
V posledních letech se začíná po světě rozšiřovat (díky globalizaci) další velice nebezpečný škůdce včel – malý úlový brouk. Jeho larvy nakladené v úlech totálně zničí dílo, zásoby, plod i včely. Boj s tímto parazitem je mimořádně obtížný, protože se vyvíjí nejen v úlech, ale i v zemině kolem úlů, kde je jeho zničení skoro nemožné. U nás toto onemocnění zatím není.